系統性紅斑狼瘡的發作形式多種多樣，而疾病的進展也各異。早期症狀沒有特徵性，包括肌肉疼痛、噁心嘔吐、頭痛、抑鬱及容易出現皮膚瘀傷。有時也有特殊症狀，表現多樣性。患者症狀可輕可重，呈短暫的或持續性。
常見一般症狀
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差不多所有患者都出現疲憊，在開始時或只在復發時表現； |
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足踝部浮腫很普遍； |
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常有體重增加或下降； |
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80%患者有低燒； |
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通常是間歇性發作。 |
皮膚黏膜
發生在70%以上的病例。通常暴露過紫外線後皮疹就會出現，同時亦會引起其他主要組織系統發生病變。大約有一半患者曾經對陽光產生過敏反應，多數發生在金髮白種人。
系統性紅斑狼瘡的典型表現有蝴蝶狀紅斑在兩邊面頰及鼻梁出現，頭髮脫落常見。在活躍病例更有口腔潰瘍，潰瘍疼痛相對性地較輕。發作時可伴隨喉痛。
血管系統
有20∼30%的患者表現雷諾士現象，是一種血管擴張或收縮不良病變。臨床特點以陣發性肢端(主要是手指)對稱性發白、紫紺、伴局部冷麻、針刺樣疼痛或其他感覺異常，發作數分鐘後自行緩解，皮膚變為潮紅，繼而轉為正常顏色。通常患者手指對冷凍非常敏感，但白紫紅的皮膚轉色過程不一定全部出現。
肌肉骨骼系統
疼痛性關節炎是系統性紅斑狼瘡的常見症狀，差不多所有患者都曾經發生。可出現在任何關節上，症狀往往在1至3天內消失。病變常見於手指、手腕及膝部，另外踝關節、手肘、肩膀、及髖關節亦可受牽連。早晨起床會出現數分鐘的關節僵硬。
腎臟受損
有50%系統性紅斑狼瘡患者腎臟受累。可能出現突發的急性疼痛性腎炎，輕者只會從尿液分析裏發現異常蛋白或血。泌尿道感染很常見。
神經系統
發生在所有系統性紅斑狼瘡患者，由於健康受損、家庭及工作壓力所造成的反應性抑鬱和/或焦慮很常見。對於這些症狀所引起的殘障及依賴性，其預後不樂觀。
有關症狀包括失眠、無食慾、便秘、心悸、腹瀉、呼吸急速、失憶、情緒不穩、困惑及不能集中注意力。有超過10%的患者出現抽搐；所形成的影響亦同等地提高中風的危險。頭痛是常見症狀，由於緊張及壓力造成。有20%患者出現偏頭痛。
心肺系統
胸痛、咳嗽及呼吸急速常常出現，都是由於肺臟、胸腔黏膜及橫膈膜的功能異常所致。呼吸疼痛亦常見，多數與胸悶同時出現。患者躺臥時症狀加重。
胃消化道
胃消化道症狀很常見，25%患者有食道不適而表現吞嚥困難。消化不良、腹痛、噁心嘔吐等多見。
造血系統
50%以上的患者有貧血。實驗室分析發現血細胞及凝血機制都異常。
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