手術
肝癌常常沒有症狀或病癥，所以當確診時往往已不能完全手術切除。但屬早期發現病例，腫瘤只占據肝臟某部位，醫生可以切除兩葉肝臟的其中一葉或小部份稱為肝段。如果多個細小腫瘤在肝臟的不同位置，醫生亦只會切除這些腫瘤所在的肝段。肝臟是身體其中一個會快速再生的器官，切除大部份臟器亦不會影響他的功能或造成損害。不過如果腫瘤鄰近大血管就不能切除，因會損傷血管。
冷凍手術
是一種選擇性破壞身體組織的治療方法，通過冷凍手術，腫瘤不須切除，而是利用液態氮冷凍腫瘤組織，並讓該壞死的肝癌組織留於肝藏，讓身體通過代謝功能自行將已壞死的組識清理及吸收。冷凍手術常用於容易危害鄰近重要器官如血管的腫瘤上。直至目前為止，醫生們都認為這方法與手術切除的療效相同，兩種方法亦可以同時使用，使腫瘤組織盡量被清除。
化療
一種以高毒性藥物治療方法，經由血流(靜脈注射)或藥丸(口服)選擇性毒害生長中細胞，常用於不能進行手術的肝癌類型上；亦用於手術後消除肝內的剩餘癌細胞。化療藥物的作用是殺死快速生長的細胞，但其他正常細胞包括肝細胞、紅細胞、免疫細胞亦同時受到影響，所以須限制劑量或使用最少損害的途徑，以減少副作用。為減少對身體其他部份的損害，手術時用管道插入肝動脈，使某些化療藥物可直接注入肝臟，令高毒性化療藥大劑量地達到腫瘤，以減少其他部位與毒性藥物不必要的接觸。
化學栓塞法
栓子由小叢細胞群、脂肪、纖維、血小板或異物組成，流經動脈和靜脈，最後堵塞該等血管。如果注射小栓子入腫瘤的動脈和靜脈中，受注射影響的腫瘤細胞會因失去營養和氧氣供應而死亡。化學栓塞法的技術是將富含化療藥物的細微物質注入腫瘤動脈，多用於治療多發性腫瘤的病例上。這方法有兩種功效：（一）停止腫瘤的血、營養及氧氣供應，（二）使腫瘤細胞浸淫在高毒性的環境中，加速壞死。這方法至今仍是試驗療法，但早期研究已指出它使原發性肝癌縮小及延長生存期。
腫瘤 |
供應腫瘤營養及氧氣的血管 |
| 用 脂肪、纖維、血小板 及化 療 藥物 制成栓子 阻斷腫瘤的血供繼而殺死腫瘤 |
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酒精注射
純酒精(100%) 對肝癌有高度毒性。通常用乙醇直接注入肝腫瘤，使細胞乾涸及蛋白質分解。這方法可用于不適手術但腫瘤細小的病人。明顯地提高了生存率。一些醫院現正試驗將酒精和化療藥混合液注入腫瘤，以試驗是否更有效。
放療
放射治療是常用的癌症療法，以輻射線照射在腫瘤上殺死細胞。對肝癌較少用，因為不能保護對輻射敏感的正常肝細胞。有時放射治療會在手術中使用以殺死微細腫瘤，可增加清除率。
輻頻消融術
這是一種新治療法，以高溫(80-100 °C)將腫瘤逐漸地 "煮熟"殺死。由超音波引導薄針，經皮膚插入腫瘤。當插入腫瘤後，開放電源使針尖達高熱，以此燒死腫瘤。小於4厘米的細腫瘤可用此法。用這方案的好處是病人不需全身痳醉，副作用少，手術後可立即回家。 一項相同的技術，以光纖替代電針正在試用中，稱為間質激光凝聚術。
肝移植
只適用於早期原發性肝癌併肝衰竭的病人。將整個肝臟除去，換上健康的肝臟，那些肝臟多數是交通意外遇難者捐出。在適合的病例這療法非常有效，酗酒或乙型肝炎感染引起的肝衰竭都曾經非常有效。
免疫療法
免疫治療或生物治療是嘗試支持免疫系統自行抵抗腫瘤。現在正嘗試從病人體內提取物質，或製造免疫調節劑去增強及引導體內免疫系統抗癌。
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