預防肝癌最有效的方法是防止乙型肝炎及丙型肝炎病毒感染。為新生嬰兒接種乙型肝炎疫苗現已在很多國家實行。出生時沒有接受疫苗的成人及兒童，如驗出沒感染也要接受疫苗；特別是在一些國家或地區工作及生活環境中容易感染的人。

很多研究指出在亞洲國家(如台灣，韓國)當所有兒童接受疫苗後，肝癌的發生率大幅下降(40%)。乙型肝炎疫苗須在六個月內接受三次注射。接種後體內的肝炎抗體每十年需重復檢查，如免疫失效要接受加強劑或重新接種。

控制丙型肝炎需有效接種，但現時還沒有疫苗。所以監管捐贈血液及血液制成品免受丙型肝炎病毒污染，鼓勵靜脈注射者避免共用針筒，使用清潔針筒是最有效的預防方法。